猴痘病毒是在1958年首次发现时命名的。那时候还没有采用目前对疾病和病毒命名的最佳做法。它所引起的疾病的名称也是如此。主要的变种则是根据它们已知的传播地理区域来确定的。
目前的最佳做法是，对新发现的病毒、相关疾病和病毒变种的命名应避免对任何文化、社会、国家、地区、专业或民族群体造成冒犯，另外还要尽量减少对贸易、旅行、旅游或动物福利的负面影响。
疾病：根据《国际疾病分类》和《WHO国际卫生相关分类体系》，为现有疾病指定新名称是WHO的责任。WHO正在为猴痘的新疾病名称进行公开咨询。任何希望提出新名称的人都可以在提出；
病毒：国际病毒分类委员会(ICTV)负责对病毒物种进行命名。ICTV目前正在进行猴痘病毒的命名工作；
变种/支系：现有病原体变体的命名通常是科学家之间争论的结果。为了在当前疫情背景下加快达成协议，世WHO于8月8日召开了一次特别会议，从而使病毒学家和公共卫生专家能够就新术语达成共识。
来自全球各地的痘病毒学、进化生物学专家和研究机构的代表审查了已知和新的猴痘病毒变体或支系的系统发育和命名方法。他们讨论了猴痘病毒变体的特点和演变、其明显的系统发育和临床差异以及对公共卫生和未来病毒学和进化研究的潜在后果。
该小组就符合最佳做法的病毒支系的新命名方法达成了共识。他们就如何在基因组序列库网站上记录和分类病毒支系达成共识。
达成的共识是，现将原刚果盆地（中非）支系称为第一支系（I），将原西非支系称为第二支系（II）。此外，大家一致认为第二支系由两个亚支系组成。
适合的命名结构将用罗马数字代表支系，用小写字母数字代表亚支系。因此，新的命名规则包括I支系、IIa支系和IIb支系。后者主要是指2022年全球疫情中主要流通的变种群。品系的命名则将由科学家随着疫情的发展而提出。必要时将再次召开专家会议。
在继续进行疾病和病毒名称的工作时，各支系的新名称应立即生效。
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